Il più antico insediamento stabile di gruppi di uomini nel territorio di Catignano risale al periodo Neolitico. A partire dagli anni ’60-’70 del Novecento una serie di ricognizioni e scavi archeologici, effettuati in località Ponte Rosso al Km 39 della ss. 602, portarono alla luce una ricca serie di reperti databili al VI – V millennio a. C.
Nell’area archeologica, sono stati rinvenuti numerosi reperti che testimoniano delle abitudini quotidiane, delle prime forme culturali e di artigianato artistico elaborate da questi preistorici insediamenti umani. Si tratta soprattutto di vasi in ceramica figulina con elementi decorativi impressi o dipinti, oggetti d’uso domestico e qualche idoletto fittile in forme antropomorfe. Nel periodo protostorico e fino ai primi secoli d. C., tali comunità di uomini si spostarono occupando altre zone limitrofe all’attuale centro abitato. Probabilmente Catignano sorse sulle rovine dell’antica Cutina.
Il toponimo del paese durante il Medioevo si trasformò in Catenianum e Catigitanum, due termini che fanno riferimento alla parola “catena”. Tale riferimento potrebbe avere diverse spiegazioni tra cui quella più suggestiva ed evocativa di un luogo destinato alla deportazione e alla prigionia; oppure quella per cui la parola deriverebbe da catonius + anus con riferimento ad un prediale, ovvero ad una tassa sui terreni le cui dimensioni furono per secoli calcolate con l’utilizzo della catena, intesa quale antica misura di lunghezza e superficie, specialmente agraria.
Del castrum medioevale non resta che qualche traccia nelle mura a scarpa e nella tipica distribuzione abitativa a cerchio del borgo fortificato, oggi identificato come Via del Castello.
Nel 1806 il Comune di Catignano risultava essere una terra baronale sottoposta al controllo del Duca di Alanno Michele Bassi. Nel 1807 quest’ ultimo, un nobile filo francese al servizio del governo napoleonico, venne eletto Intendente in Capua. In quegli anni Catignano, per la sua congeniale posizione geografica divenne Capoluogo del Circondario dell’allora provincia di Teramo.